乙肝病毒耐药如果发现不及时，可能进展为临床型耐药，发生生化学的突破，造成肝炎的复发，肝脏炎症活跃，使取得的抗病毒成效减少或完全逆转，造成病情的进展，如：肝组织学已有的进步逆转；血清抗HBe转换率降低或“小三阳”又回到“大三阳”；肝硬化发生率增高，HCC的发生率增加；肝脏代偿功能差的病人耐药后发生功能衰竭的风险增加；肝移植病例有排斥高危性。所以，发生了耐药变异，必需要及时处理。郑州大学一附院感染性疾病科潘延凤

耐药发生后给乙肝的后续治疗带来了困难，目前上市的核苷类似物存在交叉耐药，导致未使用的部分药物对耐药病毒株的抑制能力下降；核苷经治患者治疗效果不如初治患者，导致后续所用药的耐药率增加，部分患者发生多重耐药，如果治疗效果不好，可以导致这些患者面临“无药可用”的尴尬境地。耐药不仅增加了经济负担，而且还打击了患者的治疗信心，更进一步造成依从性下降。