1S基因变异的临床意义有：

      1 HBsAg阴性仍有乙肝病毒感染：

     S基因变异后所表达的HBsAg不能被现在的普通检查方法检测到，致使乙肝病毒仍然存在，却不知晓。如果HBsAg阴性，应该检测HBeAg和乙肝病毒的基因，综合分析方可得出正确的结果。四川省第四人民医院消化内科常玉英

       2免疫预防失败：

      使用野毒株HBsAg制备的血源性或基因过程乙肝疫苗所产生的抗HBs对一些变异株的HBsAg的亲和力和中和作用明显下降，从而可使乙肝疫苗阻断母婴传播和乙肝免疫球蛋白预防移植肝再感染乙肝病毒失败。

        3)致病性的改变：

       S基因变异株在乙肝病毒无症状携带者、急性肝炎、慢性肝炎、重症肝炎、肝硬化和肝癌患者体内均有发现，使病变程度加重，范围增加。

        4) HBsAg亚型的改变：

        由于核苷酸序列发生变异，会引起HBsAg亚型的改变，使病情复杂化。

      2前C基因变异的临床意义有：

前C区变异可能与肝病的严重性相关，还可能对干扰素应答不良，使得肝移植后病情恶化。

      3X基因突变的临床意义有：

        研究发现乙肝病毒X基因变异及其产物HBxAg与乙肝病毒的致癌可能密切相关。

        4P基因变异的临床意义有：

       P基因变异可能导致HBV-DNA多聚酶的结构改变。拉米夫定是目前乙型肝炎病毒复制强有力的抑制剂，其作用靶标为HBV-DNA多聚酶。所以P基因C区YMDD密码子变异，直接后果是导致产生拉米夫定耐药变异株。已经有较多的报道显示应用拉米夫定治疗超过半年就可能产生HBV耐药变异株，亚洲的一项研究表明，拉米夫定用药1年YMDD变异株发生率为14%，用药两年YMDD变异株发生率达28%。因此要及时检测YMDD变异株，检测方法除了进行DNA测序以外，可应用PCR结合酶切的方法进行。