乙肝病毒的基因变异会给临床带来许多不利因素，例如：

　　1HBsAg阴性仍有乙肝病毒感染：S基因变异后所表达的HBsAg不能被现在广泛使用的一些试剂所测出，致使乙肝病毒仍然存在，但HBsAg出现阴性的情况，此时应结合HBeAg检查和乙肝病毒的基因检查技术，方可得出正确的结论。

　　2疫苗免疫预防失败：使用野毒株HBsAg制备的血源性或基因工程乙肝疫苗所产生的抗-HBs对一些变异株的HBsAg的亲和力和中和作用明显下降，从而可致使乙肝疫苗阻断母婴传播和乙肝免疫球蛋白HBIG预防移植肝再感染乙肝病毒失败。四川省第四人民医院消化内科常玉英

　　3致病性的改变：S基因变异株在乙肝病毒无症状携带者、急性肝炎、重症肝炎、肝硬化和肝癌患者体内均有发现，使病变程度加重，范围增加。

　　4HBsAg亚型的改变：由于核苷酸序列发生变异，会引起HBsAg亚型的改变，使病情复杂化。

　　5前C区突变的病毒有可能引起暴发性肝炎或慢性肝炎的恶化或肝移植失败。

　　6X基因突变有可能与肝癌的发生有关。

　　7P基因C区YMDD密码子变异，直接后果是产生拉米夫定耐药变异株，使抗病毒药物拉米夫定失去治疗作用。