1S基因变异：

        乙肝病毒S基因编码表面抗原HBsAg。HBsAg有重要的生物学意义，是乙肝疫苗的主要成分，是诊断乙肝病毒感染的重要依据。S基因区可分为S区、前S2区和前S区3段，各编码为226、55和128氨基酸，前S1区可因亚型的不同而出现氨基酸的数目不等，3段的5’端各有一个起始密码子，但共有一个终止密码子。翻译的产物形成HBsAg的主蛋白226氨基酸、中蛋白281氨基酸和大蛋白409氨基酸。S基因区最重要的变异是a决定簇氨基酸145位点的变异，即145位氨基酸由甘氨酸突变为精氨酸。由于该位点的变异，使乙肝病毒表面抗原与抗－HBs的结合力下降，从而降低了乙肝表面抗体的作用。四川省第四人民医院消化内科常玉英

       2前C基因变异：

        乙肝病毒HBeAg和HbcAg的这两种抗原蛋白的合成主要受到C区的前C基因中的一些起始密码子的控制，又称为C基因启动子，该启动子对于HBeAg和HbcAg的量的表达和乙肝病毒复制起着关键的调控作用。有一些研究结果表明前C区变异与肝病的严重性相关，此结论有待进一步证实。前C基因变异还可能对干扰素应答不良，肝移植后病情恶化。HBV前C基因研究最多的是前C1896位的突变。

       3X基因突变：

        X基因突变编码154个氨基酸的X蛋白，X蛋白可激活乙肝病毒基因的复制过程，是乙肝病毒基因组内结构和功能重叠最明显的区域。因此，X基因在乙肝病毒复制、表达及致病中起关键作用。近年来还发现乙肝病毒X基因变异及其产物HbxAg与乙肝病毒的致癌密切相关。

        4P基因变异：

        多见于P基因C区YMDD的乙型肝炎病毒酪氨酸－蛋氨酸－天门冬氨酸的英文缩写，YMDD变异分为两种，一种是HBVP基因第550为氨基酸由蛋氨酸突变为颉氨酸，另一种是HBVP基因第550位氨基酸由蛋氨酸突变为亮氨酸。此两种变异导致了HBV-DNA多聚酶的结构改变。拉米夫定是目前乙型肝炎病毒复制强有力的抑制剂，其作用靶标为HBV-DNA多聚酶。所以P基因C区YMDD密码子变异，直接后果是导致产生拉米夫定耐药变异株。已经有较多的报道显示应用拉米夫定治疗超过半年就可能产生HBV耐药变异株，亚洲的一项研究表明，拉米夫定用药1年YMDD变异株发生率为14%，用药两年YMDD变异株发生率达28%。因此要及时检测YMDD变异株，检测方法除了进行DNA测序以外，可应用PCR结合酶切的方法进行。