扁平疣的好发部位为颜面和手背，但是扁平疣也会长在身体的其他部位，如阴部，男性的阴囊和阴茎的包皮上都有出现扁平疣的可能性，专家强调说，如果生殖器官出现扁平疣的话需要尽快的治疗，以免传染给妻子及其他性伴侣。扁平疣是由人类乳头瘤病毒引起的。大多数都是突然出现，一般为针头至米粒大或稍大的扁平丘疹，呈圆形或不规则形，略高于皮肤表面，也可显著地突起而形成圆顶状。表面光滑，境界清楚，触之较硬，为浅褐或灰白、淡黄或正常皮色。

扁平疣和常见的汗管瘤易相混淆，汗管瘤又称汗管囊瘤或汗管囊肿腺瘤。现已证明为一种向汗管分化的小汗腺肿瘤，以常染色体显性遗传方式遗传。汗管瘤的皮肤损害主要分布在眼睑附近，皮疹呈密集分布的淡黄色或肤色丘疹，表面有蜡样光泽，半球形。而扁平疣多发于面颊及手背，皮疹为扁平丘疹。